La région académique s'est dotée d'une charte de gouvernance qui l'engage sur des principes de collégialité et de subsidiarité entre les académies. Les objectifs visés dans la charte sont la cohérence, la convergence et la mutualisation des moyens.
Afin de répondre aux enjeux de la région académique, la charte de gouvernance a créé des instances de gouvernance présentées ci-dessous.